ผู้เล่นจะต้องเลือกหนึ่งในหกตัวละครเอ็กซ์เมน ได้แก่ ไซคลอปส์, โคลอสซัส, วูล์ฟเวอรีน, สตอร์ม, ไนท์ครอว์เลอร์ หรือแดซเลอร์ โดยวัตถุประสงค์ของพวกเขาคือการยับยั้งวายร้ายแมกนีโต จากความหายนะที่มีต่ออารยธรรมมนุษย์ พวกเขาจะต้องต่อสู้กับศัตรูที่มีอยู่ในหนังสือการ์ตูน เช่น กองทัพของเซนติเนลนับร้อยตัว, จระเข้กลายพันธุ์, รีฟเวอส์ ตลอดจนตัวร้ายที่มีพลังพิเศษ เช่น ไพโร, บล๊อบ, เวนดิโก, นิมรอด, เดอะไวต์ควีน, จักเกอร์นอท และมิสทีค ต่อมา แมกนีโตได้ลักพาตัวศาสตราจารย์ เอ็กซ์ และคิตตี ไพรด์ ซึ่งเป็นการกระตุ้นให้เหล่าฮีโร่ไปปฏิบัติภารกิจช่วยชีวิต เหล่าฮีโร่ต่อสู้ตามเส้นทางสู่เกาะเอ็ม และในที่สุดก็ถึงฐานของแมกนีโตบนแอสเตอรอยด์เอ็ม ซึ่งการต่อสู้ครั้งสุดท้ายได้อุบัติขึ้น